El que fuera primer alcalde de la Segunda República en Montilla, nace en 1885 en el seno de una familia campesina que ya desde su infancia lo incorporará a las faenas agrícolas. Discípulo del socialista Francisco Palop y Segovia, se inicia en el sindicalismo de la UGT donde sus dotes de liderazgo y buena organización le llevarían a ser uno de los fundadores de la llamada “Parra Productiva”. Vocal de FTT (Federación de Trabajadores de la Tierra), defendió varias ponencias en el Congreso de 1932, organizando cuatro años más tarde en su localidad natal, al amparo de la ley de Reforma Agraria, la primera sociedad colectiva denominada «El Alcaide», todo un referente de explotación agrícola gestionada por los propios trabajadores. Fundó en la Casa del Pueblo de Montilla una Escuela de Artes y Oficios. Se preocupó por la formación cultural, participando activamente como director en los semanarios locales «Montilla Obrera» y «Fuerza y Cerebro».
Como miembro del PSOE fue concejal en el ayuntamiento de Montilla y tras las Elecciones de abril de 1931, fue proclamado alcalde. Unos meses más tarde, en las Elecciones Generales del 28 de junio, se convirtió en diputado a Cortes por Córdoba, siendo nombrado miembro de la Comisión Parlamentaria del Instituto de Reforma Agraria.
El 27 de julio de 1936 es detenido en la colectividad “El Alcaide” por las tropas del coronel rebelde Sáenz de Buruaga que se dirigían a Baena. La explotación colectivizada, en plenas faenas de recolección, fue objeto de saqueo por parte de oportunistas próximos a las fuerzas sublevadas que acabaron requisando frutos, semillas y aperos.
Junto a Francisco apresaron también a su sobrino Manuel Hidalgo Zafra que, unido a un grupo jornaleros, fue subido a un camión para llevarlo a Baena. Sin embargo, el vehículo se detuvo en mitad del camino, bajándolo junto a otro compañero para ser fusilados en unos rastrojos cercanos a la carretera. Su madre, Carmen Zafra Contreras, tuvo el valor de recoger el cadáver de su hijo y transportarlo en un caballo hasta Montilla donde le dio sepultura en el cementerio.
El 28 de julio Francisco Zafra sería asesinado en la plaza del Ayuntamiento baenense, engrosando el número de víctimas que se produjeron en uno de los mayores genocidios de la guerra civil en Córdoba.
No terminaron las desgracias para esta familia, pues un hijo de Francisco fue detenido y fusilado, mientras que otro, menor de doce años, fue torturado en Montilla. Tan sólo sobrevivió una hija.