Nacido en Córdoba el 3 de febrero de 1879. Profesor en el Instituto Provincial y en la Universidad de Sevilla, fue propuesto para un Ministerio por el rey Alfonso XIII, aunque rechazó la propuesta dada su ideología contraria a los principios monárquicos.
Al proclamarse la Segunda República, fue elegido diputado a Cortes por la circunscripción provincial de Córdoba y nombrado gobernador civil de Málaga. Apenas un mes después, encontrándose en Madrid, tuvo conocimiento de que las turbas habían iniciado el saqueo y quema de las iglesias y conventos malagueños. Tomó un vehículo para tratar de detener la barbarie, pero no llegó a tiempo y tremendamente dolido por los hechos, dimitió de su cargo. Más tarde ocuparía el gobierno civil de la provincia de Córdoba. Embajador en Perú en 1933, fue elegido diputado de Izquierda Republicana por Córdoba en las elecciones de 1936. Entre 1937 y 1939 ejercerá como embajador en Filipinas, aunque las circunstancias precarias en las que se encontraba, sin recibir su sueldo, aquejado de diabetes y con el temor de la guerra en el Pacífico, le hizo que al finalizar la contienda española se exiliase a Ecuador. Antes tuvo que sufrir también la pérdida de una de sus hijas, que padecía del corazón, fallecida en Madrid como consecuencia de los continuos sobresaltos que le producían los bombardeos.
Ya en Quito, las gestiones realizadas por su fiel amigo el crítico de arte José Gabriel Navarro, le consiguieron la cátedra de Historia de América en la Universidad Central del país. En 1942 pasó a dirigir la recién creada Facultad de Ciencias y Letras de la Universidad de Guayaquil y dictó la cátedra de Historia General de la Cultura, aunque no pudo continuar en ella por cuestiones de salud. En 1943 dictó varios cursos en la Universidad de San José de Costa Rica, pronunciando a su vuelta numerosas conferencias en las principales ciudades de Ecuador y publicando, entre otros, el epistolario de Emilia Pardo Bazán. En 1948 vive en Costa Rica bajo la protección del presidente José Figueres, que le designó agregado cultural ad honores, mientras dirigía la cátedra Menéndez Pidal.
Profuso escritor, cuenta en su haber con multitud de artículos, guiones de cine y libros, entre los que destacan Nociones de Geografía e Historia de América (con el que obtuvo un premio del Ministerio de Instrucción Pública en 1929) y su repetidamente publicada Historia de Córdoba, en la que se aprecia claramente su pasión por la ciudad que le vio nacer. Sin embargo, poco después del inicio de la guerra, el Ayuntamiento le declaró “Hijo maldito” en represalia a los virulentos artículos que publicaba en el diario Ahora de Madrid. El infamante acuerdo fue anulado en 1950 y hoy existe en la que su casa una placa en la que se lee: “En esta casa vivió Antonio Jaén Morente, gloria de Córdoba”.
Entre 1953 y 1955 vivió en España, amnistiado por el Gobierno, aunque regresó de nuevo a Costa Rica donde esperó inútilmente una pensión jubilar española que nunca llegó. Por el contrario, numerosos países y universidades centroamericanas le otorgaban todo tipo de honores y le invitaban a pronunciar conferencias como el emocionante ciclo que casi a modo de despedida, ofreció en la universidad de Guayaquil en 1963. Un año más tarde, el día 8 de junio, fallecía en la ciudad de San José de Costa Rica, país en el que tanto se reconoció su labor.