Eloy Vaquero Cantillo nació en Montalbán de Córdoba el 28 de junio de 1888. Desde muy pequeño mostró una gran inteligencia y amor por la lectura y la escritura. Cuando aún era un niño ganó un premio en un certamen escolar dedicado al tercer centenario de El Quijote, con un trabajo titulado El Quijote es una joya pedagógica. Aquel reconocimiento fue el primer paso de una vida dedicada al estudio, la enseñanza y el compromiso social.
Se formó como maestro en Córdoba. Tras casarse con Carmen Ruz Nieto, se estableció definitivamente en esta ciudad, donde ejerció la docencia. Allí comenzó a aplicar métodos educativos avanzados para su tiempo, convencido de que la educación era la clave para mejorar la sociedad. Al mismo tiempo, inició su actividad política influido por su amigo y mentor Alejandro Lerroux, líder republicano.
Ingresó en el Partido Republicano Radical, fundado por el también cordobés Alejandro Lerroux, y pronto se destacó como una figura activa en la defensa de ideas democráticas y reformistas. En 1910 fundó la Liga Española para el Impuesto Único, inspirada en las teorías del economista Henry George, con la intención de promover una sociedad más justa. Por estos años comenzó también a estudiar Derecho, carrera que terminó en 1914, sin abandonar nunca su vocación de maestro.
Fue nombrado director de la Escuela Obrera de Córdoba, que más tarde transformó en una innovadora Escuela al Aire Libre, donde los alumnos aprendían en contacto con la naturaleza. En 1913 organizó en su pueblo natal, Montalbán, un experimento social muy avanzado: una comuna agraria basada en la cooperación, la cultura y la ayuda mutua. Ese mismo año impulsó el primer Congreso de Agricultores de Córdoba, del que nació la Federación Regional Obrera Andaluza.
En 1915 fundó el Centro Andaluz de Córdoba, desde el que promovió el pensamiento andalucista, defendiendo la identidad y los derechos históricos de Andalucía. Fue elegido concejal del Ayuntamiento de Córdoba en 1916. Un año después ingresó en la masonería, y publicó su primera novela, Amor y libertad.
Su compromiso con Andalucía lo llevó a organizar junto a Blas Infante la Primera Asamblea Regionalista Andaluza, celebrada en Ronda en 1918. Allí se aprobó el manifiesto que sentó las bases del andalucismo moderno y se adoptaron símbolos hoy históricos: la bandera verdiblanca y el escudo de Hércules con los leones.
En 1920 inició su labor como periodista, fundando el diario La Voz. También fue diputado provincial y publicó varias obras, entre ellas Del drama de Andalucía y Las Escuelas al Aire Libre, donde reflejaba su preocupación por la situación social y educativa del país.
Con la llegada de la Segunda República Española en 1931, Eloy Vaquero volvió a primera línea política. Fue elegido alcalde de Córdoba el 15 de abril, aunque solo ocupó el cargo dos meses, ya que pronto fue elegido diputado a las Cortes Constituyentes por Córdoba. Más adelante desempeñó importantes responsabilidades en el gobierno republicano, llegando a ser ministro de la Gobernación y ministro de Trabajo, Sanidad y Previsión Social. Su labor estuvo marcada por la inestabilidad política de aquellos años difíciles.
Tras la victoria del Frente Popular en 1936 y el aumento de la tensión política, decidió abandonar España. Comenzó entonces una larga vida de exilio, pasando por Gibraltar, Reino Unido, Estados Unidos y Cuba, hasta establecerse finalmente en Caracas (Venezuela). Allí trabajó como profesor de Lengua, Historia, Geografía y Economía, y colaboró en revistas educativas.
En 1939 se trasladó a Nueva York, donde fue profesor en la Universidad de Columbia. Fundó y dirigió la revista cultural y política Mensaje, destinada a mantener viva la voz de los exiliados españoles. También publicó su obra poética más importante, Senda Sonora.
Falleció el 14 de septiembre de 1960 en la capital neoyorquina, lejos de su tierra, como tantos españoles que tuvieron que marcharse tras la Guerra Civil. Su vida es el ejemplo de una generación que creyó en la educación, la libertad y el progreso como caminos hacia un mundo mejor.